De kerk heeft als patroonheilige Sint Judocus. Deze is door de Cisterciënzers van Leur, waar Hernen een tijdlang onder viel, meegebracht uit Bourgondië. Hij is de beschermheilige van pelgrims, boeren, bakkers, zieken en fruit. Pelgrims zullen Hernen zeker hebben aangedaan. Het dorp lag op een van de spaarzame goed begaanbare wegen door het rivierengebied. Boeren zullen de heilige hebben aangeroepen als het fruit wegrotte aan de bomen door vorst of de fruitvlieg.
De huidige kerk had een voorganger uit de late middeleeuwen. Deze werd gebouwd in ca. 1360 tegelijk met het kasteel. Het was een klein gotisch éénbeukig kerkje. Hiervan is weinig overgebleven bij de bouw van de nieuwe kerk. Van de grafzerken en grafmonumenten van de in dit kerkje bijgezette heren en vrouwen van Hernen is slechts een deel van een graftombe over uit circa 1500. Deze wordt gebruikt als stoepsteen in de entree van de huidige kerk.
Nieuwe kerk
Toen de katholieken in 1799 het oude kerkje terugkregen, hebben ze het vergroot. In 1890 wilde men een nieuwe kerk. Deze werd in 1893 gewijd. Het is een ontwerp van architect Stornebrink. Het is een neo-romaanse kerk met een ingewikkelde plattegrond. Opvallend zijn de vele halfronde uitbouwsels (absiden). Ze zijn overal te vinden; onder andere bij de transeptgevels, achtergevels van de sacristie en aan weerzijden van het koor. Het koor sluit, geheel in de romaanse traditie, af met een halfronde apsis. Aan deze stijl zijn ook vele versierende elementen ontleend; onder andere rondboogvensters- en friezen. Het interieur komt, ondanks het gebruik van gekleurde stenen bij de vele muurdecoraties, als een geheel over. Alles is op een goede manier op elkaar afgestemd. Ook de inventaris past zich daarbij aan; onder andere doopvont, communiebank en preekstoel. In het koor en transept zijn schilderingen te zien die afkomstig zijn uit de beroemde werkplaats van Pierre Cuypers uit Roermond. Ook de gebrandschilderde ramen werden door hem ontworpen. Uit de oude kerk zijn de neo-classicistische biechtstoelen overgebleven en het orgel uit Kevelaer.