Het slot is al in het bezit van verschillende families geweest, als de familie Van Stepraedt het in 1489 koopt voor 4000 goudguldens (omgerekend € 1920,-). Deze familie houdt het slot met tussenpozen tot 1743 in haar bezit.
Plundertocht
In 1526 wordt Doddendael verkocht aan hertog Karel van Gelre, die het slot inzet als vesting. De Nijmegenaren ondernemen per aak een plundertocht naar het slot en steken het in brand. In 1528 kocht de familie Slot Doddendael verbrand en wel weer terug.
Schuilkerk
Het herstel begint, maar in 1585 wordt het slot door de Spanjaarden bezet. Prins Maurits herovert Doddendael tijdens het Beleg van Nijmegen en laat het in brand steken. Alleen de zware rompmuren blijven overeind. De familie Van Stepraedt gaat opnieuw voor herstel. De familie gebruikt het vanaf halverwege de zeventiende eeuw niet meer als hoofdverblijf en stelde, toen de katholieke eredienst verboden werd, de slotkelder ter beschikking als schuilkerk. Daar zijn nu nog de resten van te zien.
In gebruik
De huidige eigenaar, de heer H. Braam, heeft Slot Doddendael na een grondige restauratie vanaf 1977 in gebruik genomen als restaurant voor partijen. Sinds 1 april 2012 heeft zijn dochter Fabiënne Braam samen met haar man Jan Willem 't Hooft de exploitatie overgenomen.