In 1444 werd het convent al omgevormd tot een klooster voor de Minderbroeders of Franciscanen.
Funderingen
Toen in 1972 de boerderij Kloosterhof afbrandde kwamen de funderingen van het al in 1616 gesloopte oude klooster vrij, samen met een aantal skeletten. Deze overblijfselen vormen de bewijzen dat er ooit een kloostercomplex stond. Wat ook overgebleven is, is een priesterzerk van de zevende rector van de monniken uit Holtmeer. Deze is te vinden in het kerkportaal van de oorspronkelijk middeleeuwse St.Pieter-Bandenkerk te Macharen. Dit dorp ligt in het rooms-katholiek gebleven graafschap van Megen, waar de Franciscanen na 1674 naar zijn uitgeweken. Vandaar bedienden zij in het geheim de erediensten in een van de schuilkerken in het Land van Maas en Waal. De Franciscanen hebben er alles aan gedaan beelden te redden uit het Land van Maas en Waal. Zo ook de prachtige crucifix, die ook in de Macharense kerk is terug te vinden, afkomstig uit de middeleeuwse kerk in Hernen.
Tempeliers
Het is aannemelijk, maar niet bewezen, dat de Tempeliers zich ook in de buurt van het klooster hadden gevestigd in de dertiende en veertiende eeuw. Dit kan te maken hebben met het feit dat de Tempeliers pelgrims hebben overgezet over het vlakbij stromende Wijchens Maasje. Deze zijrivier van de Maas, die dwars door het rivierengebied liep, zorgde ervoor dat maandenlang grote delen van het gebied onder water stonden. Door het Rivierengebied liep de pelgrimsroute van Maastricht naar Utrecht. Er doen zich verhalen de ronde dat nog lang de doodskreten te horen waren van een groep Tempelmonniken die door een zwervende bende in één nacht werden vermoord. Ook de vondst in een onderaardse gang van geraamtes van rechtopstaande mensen zou daarmee te maken hebben.